Unul dintre vastele sale succese, devenit punct de recunoaștere publică, a venit odată cu asumarea rolului lui Jason Bourne, asasinul CIA. Personajul s-a bucurat de o prezență constantă pe ecranele cinematografelor, întrucât franciza Bourne s-a transformat într-o trilogie, al cărui final s-a regăsit în “The Bourne Ultimatum”. Surprinzător, ultimul film a fost de fapt cel mai aclamat de către critici. Și cu toate acestea, Damon nu a văzut vreun atribut calitativ în el. Cele mai multe dintre reproșurile sale se leagă de scenariul lui Tony Gilroy, spunând că este “îngrozitor”, “de necitit”, “super jenant” și că ar fi putut să fie “un sfârșit de carieră” pentru scenarist.